Perbezaan UIM dengan Universiti Islam Antarabangsa Malaysia dan Universiti Sains Islam Malaysia adalah dari segi kumpulan sasar. UIM memberi fokus kepada penyelidikan di peringkat sarjana dan PhD. Universiti di bawah naungan Majlis Raja-Raja ini dilihat menjadi paksi yang berperanan mengukuhkan penyelidikan dalam pembangunan umat Islam dan negara-negara Islam seluruh dunia.
UIM memberi manfaat maksimum kepada umat Islam di Malaysia khususnya dalam bidang-bidang yang masih lagi tertinggal. Pada masa yang sama, hal ehwal umat Islam minoriti di Selatan Thailand, Selatan Filipina, Singapura, negara-negara di benua Afrika, China dan Eropah yang masih mundur dan ketinggalan dalam pendidikan tinggi wajar juga diberi perhatian supaya mereka dapat menyumbang kepada negara masing-masing.
Kesarjanaan dalam tamadun Islam telah mengangkat martabat umat Islam di Andalusia. Bidang penyelidikan diberi keutamaan untuk berkembang dan meneroka ke seluruh dunia. Khalifah sebagai pemimpin negara telah menyediakan bantuan dan galakan kepada umat Islam untuk mendalami ilmu dalam pelbagai disiplin. Melalui peranan aktif ini, ilmu yang dipelopori tokoh-tokoh ilmuan Islam diiktiraf sehingga kini.
Permintaan daripada penyelidik-penyelidik bukan Islam untuk membuat kajian berkaitan kepentingan umat Islam wajar diberi perhatian supaya pemahaman masyarakat terhadap Islam semakin bertambah. Kini Universiti Islam Malaysia menjadi perhatian kepada para ilmuan di Malaysia dan menjadikan negara ini sebagai hab pendidikan kepada umat Islam global.
